Program Tahfidzul Qur'an di Ummul Qura dibuka dari semenjak bapak pengasuh merintis pesantren, beliau adalah seorang Hafidz alumni Insitut PTIQ Jakarta yang berkomitmen dengan tahfidzul Qur'an. Namun sampai kurang lebih tahun 2003 program tahfidz belum diterapkan kepada semua santri. Baru pada tahun 2004 ketika banyak dewan asatidz yang kuiiah di PTIQ maka program tahfidz diterapkan secara sistematis. Ketika itu yang menjadi ketua Lembaga Tahfidz yang pertama adalah Ustadz Mukhalip.
Santri/siswa yang baru masuk dan belum lulus dalam standar bacaan Al Qur'an yang benar dan fasih, belum dapat mengikuti program tahfidz, namun harus mengikuti dulu masa pembekalan maksimal sampai satu semester.
Program Tahfidz diterapkan kepada selururh siswa dari tingkat MTS sampai tingkat MA yang memang sudah lulus tes dan menyatakan diri siap. program tahfidz ini mempunyai target siswa/santri dapat menyelesaikan tahfidz 30 juz maksimal dalam tempo 6 tahun. satu semester santri wajib menyelesaikan dua setengah juz sebagai syarat dapat mengikuti ujian semester. program tahfidz inipun menjadi salah satu muatan yang mempengaruhi kelulusan siswa/santri.
